Founder of El Arkhe: advanced multiomics training + accessible molecular science communication. Visit: 🧬 Website https://el-arkhe.github.io/ 回 Insta: https://www.instagram.com/elarkhe/ 🌐 Personal https://cyntsc.github.io/https://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.socialhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mvaxngkfp22b🧬 NUEVO Curso intensivo en línea: Procesamiento de datos scRNA-seq: cómputo en la nube con Cell Ranger y Agentes de IA 📅 29 sep. y 1 oct. ⏱️ 6 h: demostración + práctica 🎓 Estudiantes: 30% de descuento Registro: luma.com/is86mj79 #scRNAseq #Bioinformática11 Sep 2026 16:16 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mvaxngkfp22bhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3msy4rhepj22gHola! Los invito/espero este J𝘂𝗲𝘃𝗲𝘀 𝟮𝟳 en el webinar "𝙎𝙞𝙣𝙜𝙡𝙚-𝙘𝙚𝙡𝙡: 𝙀𝙡 𝙁𝙪𝙩𝙪𝙧𝙤 𝙙𝙚 𝙡𝙖 𝙂𝙚𝙣𝙤𝙢𝙞𝙘𝙖". Hablaré sobre la tecnología single-cell, sus aplicaciones y oportunidades en Latinoamérica. No falten! 🤗. Organizadores: El Arkhe 🇲🇽 (Mx) + BioMaster 🇵🇪 (Perú) Registro: luma.com/sipun2y4 #SingleCell #LATAM https://luma.com/sipun2y413 Aug 2026 17:03 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3msy4rhepj22ghttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mpyyngplpk2tFollow me for dates and not to miss the series. #Bioinformática #SingleCell #10xGenomics #CloudComputing #InteligenciaArtificial06 Jul 2026 21:06 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mpyyngplpk2thttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mltupartss24¿Sabías que en scRNA-seq 1 barcode ≠ 1 célula? En datos droplet-based muchos barcodes pueden ser droplets vacíos o RNA ambiental. Nuevo blog sobre cell calling y EmptyDrops 👇 https://cyntsc.github.io/single_cell_RNA-seq/cell_calling_scrnaseq/ En comentarios: Insta: @elarkhe Visita nuestro taller #scRNAseq #10xGenomics #elarkhe14 May 2026 22:32 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mltupartss24https://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mllvtycyrs2bEn scRNA-seq, detectar una célula no siempre es tan simple como contar UMIs. Cell Ranger v3+ incorporó un enfoque inspirado en EmptyDrops para distinguir droplets vacíos de células reales, incluso con bajo RNA. El jueves compartiré un breve blog sobre *cell calling*. #scRNAseq #CellRanger #ElArkhe11 May 2026 18:31 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mllvtycyrs2bhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mkqbav6wbc2d¿𝗘𝘀𝘁𝗮𝘀 𝗲𝗺𝗽𝗲𝘇𝗮𝗻𝗱𝗼 𝗲𝗻 𝗮𝗻á𝗹𝗶𝘀𝗶𝘀 𝗱𝗲 𝗱𝗮𝘁𝗼𝘀 𝘀𝗶𝗻𝗴𝗹𝗲-𝗰𝗲𝗹𝗹 𝗥𝗡𝗔-𝘀𝗲𝗾 𝘆 𝗻𝗼 𝘁𝗲 𝗾𝘂𝗲𝗱𝗮 𝗰𝗹𝗮𝗿𝗮 𝗹𝗮 𝗱𝗶𝗳𝗲𝗿𝗲𝗻𝗰𝗶𝗮 𝗲𝗻𝘁𝗿𝗲 𝗮𝗿𝗰𝗵𝗶𝘃𝗼𝘀 .𝗵𝟱 𝘆 .𝗺𝘁𝘅? Aplicar funciones “como recetas” sin entender qué estamos haciendo es muy común. Comprender los datos ayuda muchísimo a interpretar mejor. Blog: https://cyntsc.github.io/single_cell_RNA-seq/scRNAseq_h5_vs_mtx/30 Apr 2026 18:40 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mkqbav6wbc2dhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mggym2dhxs2s𝗪𝗼𝗿𝗸𝗶𝗻𝗴 𝘄𝗶𝘁𝗵 𝘀𝗰𝗥𝗡𝗔-𝘀𝗲𝗾 𝗱𝗮𝘁𝗮? One of the decisions when selecting a dataset is understanding which Chromium chemistry was used. Understand 10X Genomics 𝗰𝗵𝗲𝗺𝗶𝘀𝘁𝗿𝗶𝗲𝘀: v3.1 vs GEM-X v4 and how they impact dataset selection. A reference is on the first comment. #scRNAseq #10XGenomics #ElArkhe07 Mar 2026 04:31 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mggym2dhxs2shttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mgbfl2r5fk2h¿Con qué frecuencia ponemos a prueba la robustez de nuestros pipelines de análisis single-cell? Una estrategia práctica para ello es el submuestreo (subsampling), el cuál permite simular datasets más pequeños para evaluar decisiones analíticas. Para quienes tengan interés: https://github.com/el-arkhe/scrnaseq-workshop/blob/main/docs/main_docs/04_subsampling.md04 Mar 2026 23:07 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mgbfl2r5fk2hhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3mfa4rmcm622kHola 👋 En LATAM el cómputo es un cuello de botella para analizar datos single-cell. El computo en la nube es una alternativa estrategica. Comparto 3 mini-videos e introducción a 10X Genomics on the Cloud. Mas links en comentarios. 📹 https://youtube.com/playlist?list=PL0Fk-VpvFmjKRhl69G3c6g6Y9O_VRUyai&si=z43DOa06i6zMKndB #SingleCell #CloudComputing #LATAM19 Feb 2026 17:32 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3mfa4rmcm622khttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3memva5gvmc23Hola 👋 Preparando materiales de scRNA-seq, armé un notebook sobre Seurat v4 versus Seurat v5 Resumo los principales cambios conceptuales y estructurales que impactan scRNA-seq. Si usas Seurat o piensas migrar a v5, puede serte útil. 🔗 https://cyntsc.github.io/single_cell_RNA-seq/seurat_v4_v5/ #scRNAseq #Seurat #SingleCell12 Feb 2026 01:56 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3memva5gvmc23https://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3m6wzg26oqc2qAqui reactivando mi abandonada cuenta 😅 y compartiendo esta noticia: Para interesados en agricultura, se ha presentado FX-Cell, un método que ayudan a superar la dificultad para obtener células individuales viables para scRNA-seq. https://www.nature.com/articles/s41592-025-02900-2 #plantbiology #singlecell #CICY https://lnkd.in/g_5-BKni01 Dec 2025 18:06 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3m6wzg26oqc2qhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3lqlkq5hysk2s🔬 Diving into ATAC-seq workflows? You've likely heard about Seurat, Signac, MACS2, Cicero, and chromVAR—core components in many workflows. Here’s a quick overview I put together that showcases different approaches used across recent studies. https://youtu.be/R5P8mGMXuIg?si=1mVNQQLhq9kCee8X #SingleCell #Epigenomics #LIBD02 Jun 2025 00:52 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3lqlkq5hysk2shttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3lofgiujzjc2c¡Hola! 👋 Avances en nuestra investigación sobre la habenula humana, clave en motivación y estrés. Usamos single-cell, epigenomics y spatial data para estudiarla. Presentado en el 2025 Epigenomics Sciences Symposium (JHU). 🧠✨ #SingleCell #Epigenomics #LIBD05 May 2025 03:30 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3lofgiujzjc2chttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3ljna35iw4c2e👉 Sharing a talk of the molecular neuroanatomical map of the human prefrontal cortex. This study integrates Visium Spatial data with snRNA-seq to map cell types and interactions across spatial domains. Le Watch here: youtu.be/EhP5-mhw29w Slides on video Explore: research.libd.org/spatialDLPFC/ https://research.libd.org/spatialDLPFC/05 Mar 2025 14:50 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3ljna35iw4c2ehttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3li3aayyazc2e🚀 Interested in multimodal analysis with WNN in Seurat? Check out my recent RStatClub presentation, where we dive into Jaccard, canonical gene expression, and Silhouette for clustering evaluation! 📺 Watch here: https://speakerdeck.com/cyntsc/clustering-methods-in-multiome-scrna-seq-and-scatac-seq 📑 Slides: https://www.youtube.com/watch?v=mE77X5G-3_8 #RStats13 Feb 2025 17:40 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3li3aayyazc2ehttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3ld4jyoco3k2h🚀 Sharing insights on ArchR, a powerful tool for single-cell chromatin accessibility analysis! 🎯 ArchR excels in large datasets and integrates scATACseq with scRNAseq for cutting-edge multi-modal studies. 🎥 Dive deeper with the video: https://youtu.be/XNZx5Dlp6jY?si=y3KXAzgC0iOMWGqW
 #Bioinformatics #10xGenomics #LIBD12 Dec 2024 15:01 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3ld4jyoco3k2hhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3lb3m2c7unt2z📊 Extraído de la presentación de @mbarse.bsky.social en nuestro Journal Club, abajo se resumen métricas compartidas y diferentes de Space Ranger para datos Visium 10x standard y Visium 10x Cytassist. Interesados en el análisis espacial y plataformas Visium? 🔗 Más: https://speakerdeck.com/manishabarse/exploring-spaceranger-summary-metrics16 Nov 2024 19:15 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3lb3m2c7unt2zhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3lb3kwf2qd22z✨ Comparto desde nuestro `Journal Club` esta presentacion donde exploro `Feature selection and dimension reduction for single-cell RNAseq`. Si te interesa cómo aplicar modelos multinomiales en scRNAseq, ¡dale un vistazo! 🎥 🔗 Video: [GLM-PCA en acción](https://www.youtube.com/watch?v=8cyfUADgI7U&t=1s) #LIBD #RNASeq16 Nov 2024 18:55 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3lb3kwf2qd22zhttps://bsky.app/profile/cynthiasc.bsky.social/post/3lahmijsy5t2hHi ! I am new here and I like to present my interests with this video from our Journal Club! This is an overview of the multiome analysis for scATACseq and scRNAseq using several #CellRanger pipelines. This is inspired by our work at #LIBD and resources from 10x Genomics. https://youtu.be/fHVLi9-sftM?si=Hf1SDoSHI1l9_vkR08 Nov 2024 20:29 +0000at://did:plc:tioa7y26eckd55twjbsff3fg/app.bsky.feed.post/3lahmijsy5t2h